Les membres du Conseil d’administration de fenaco société coopérative sont nommés sur proposition de la région concernée. Les membres externes sont recrutés par le Conseil d’administration à l’échelon suprarégional. La majorité des sièges du Conseil d’administration de fenaco doivent être occupés par des agricultrices et agriculteurs et le président du CA doit lui aussi être une agricultrice ou un agriculteur en activité. De cette façon, fenaco est assurée d’orienter ses choix en fonction des avantages de ses membres et de respecter son mandat de coopérative.
Les administratrices et administrateurs sont élus par l’Assemblée des délégués pour un mandat de quatre ans. Le Conseil d’administration de fenaco société coopérative se compose d'agricultrices et d’agriculteurs, de Présidents/membres des Conseils d’administration des LANDI, de membres de la Direction de LANDI en fonction, ainsi que d’externes. Il est ainsi possible de garantir que les administratrices et administrateurs disposent de connaissances approfondies de l’activité commerciale et d’un rapport personnel avec les partenaires responsables. Le Conseil d’administration ne compte aucun membre de la Direction de fenaco en son sein.
Lors de ses séances mensuelles, le Conseil d’administration s’informe, en présence de la Direction, sur l’évolution de l’entreprise et statue sur les affaires qui relèvent de son domaine de compétence.