Die Mitglieder des Verwaltungsrats der fenaco Genossenschaft werden auf Vorschlag der jeweiligen Region berufen, externe Mitglieder werden überregional vom Verwaltungsrat rekrutiert. Die Landwirtinnen und Landwirte der Mitgliedgenossenschaft haben die Mehrheit der Sitze im Verwaltungsrat, auch das Präsidium muss in bäuerlicher Hand sein. Damit ist sichergestellt, dass die fenaco stets den Blick auf den Nutzen ihrer Mitglieder richtet und dem genossenschaftlichen Auftrag nachkommt.

Die Mitglieder des Verwaltungsrats werden durch die Delegiertenversammlung für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt. Der Verwaltungsrat der fenaco Genossenschaft besteht aus Landwirten bzw. einer Landwirtin, Präsidenten und Mitgliedern des LANDI Verwaltungsrats, amtierenden Mitgliedern der LANDI Geschäftsleitung sowie Externen. Somit ist sichergestellt, dass die Mitglieder des Verwaltungsrats einen engen fachlichen Bezug zur Geschäftstätigkeit und einen persönlichen Bezug zur Trägerschaft pflegen. Dem Verwaltungsrat gehört kein exekutives Mitglied der fenaco an.

An den monatlich stattfindenden Verwaltungsratssitzungen orientiert sich das Gremium in Anwesenheit der Geschäftsleitung über die Unternehmensentwicklung und trifft Entscheide zu Geschäften, welche in seinen Kompetenzbereich fallen.