Soja ist ein zentraler Rohstoff zur Herstellung von Futtermitteln für Nutztiere. Die Beschaffung von Soja aus verantwortungsbewusster Produktion hat für die fenaco oberste Priorität.
Aus diesem Grund ist sie Mitglied im Soja Netzwerk Schweiz. Im Gründungsjahr 2011 formulierte das Netzwerk das Ziel, bis 2014 mindestens 90 Prozent der Soja-Importe nach verantwortungsbewussten und nachhaltigen Kriterien zu beschaffen. Die Soja-Importe der fenaco aus Brasilien erreichen diese Zielsetzung bereits 2013 und sind entweder ProTerra- oder RTRS zertifiziert. 2016 setzte die Schweizer Fleisch-, Milch- und Eierbranche bereits praktisch zu 100 Prozent verantwortungsbewusst produzierte Futter-Soja ein. Ein weiterer Erfolg des Soja Netzwerks ist der Ausbau der Geschäftsbeziehungen in Europa: Innerhalb von sechs Jahren ist der Anteil von Soja aus Europa von einem auf über 20 Prozent gestiegen. 2017 darf das Netzwerk zudem Bell, Lidl Schweiz und den Verband des Schweizerischen Getreide- und Futtermittelhandels als neue Mitglieder begrüssen.
Die fenaco engagiert sich bereits seit 2004 für eine nachhaltige Sojaproduktion. Sie unterstützt die von WWF und Coop entwickelten «Basler Kriterien» für einen verantwortungsbewussten Sojaanbau, indem sie dem Import von nachhaltig produziertem und entsprechend zertifiziertem Sojaschrot den Vorzug gibt. Im April 2005 lancierte die fenaco Genossenschaft eigens dafür die Marke Proforest.